Pravidelný provoz jednotek řady 680 ČD byl zahájen dnem 11. 12. 2005. I když se kvůli neschválení těchto jednotek pro provoz v Rakousku nenaplnil původní záměr nasadit je v pětidenním oběhu zahrnujícím také dva páry vlaků do Vídně, bylo přistoupeno k náhradní variantě. Ta obsahovala šest párů vlaků kategorie SuperCity mezi Prahou a Ostravou (tři jednotky) a dva páry vlaků kategorie EC/IC na rameni Praha - Břeclav (jedna souprava). Pro všechny tyto vlaky bylo v Praze výchozí / koncovou stanicí nádraží Holešovice. Právě tam na jaře 2006 vznikl snímek jednotky inventárního čísla 003, konkrétně vozu 682.003-9. Ten byl později zrušen po nehodě, ke které došlo 22. července 2015 v 7.41.49 hodin ve Studénce, kdy se na jistebnickém zhlaví, na přejezdu v km 245,044, v rychlosti 142 km/h střetl s kamionem SCANIA P124 s návěsem. Souprava tahače s návěsem se zaklínila do vozu 682.003 až po úroveň sloupku mezi 2. a 3. levým bočním oknem, přičemž z cestujících v něm, tři tuto událost zaplatili životem.