Dodávky lokomotiv řady 363 do někdejšího lokomotivního depa České Budějovice byly zahájeny počátkem roku 1987, kdy do Budějic z Plzně postupně dorazilo sedm strojů vyrobených v rámci druhé výrobní série. Jednalo se o "esa" inventárních čísel 053 až 057, 079 a 080. Jedno z oněch prvních budějovických, 363.054-8, bylo 17. června 2009 zachyceno v čele rychlíku 612 "Bílina" před Ostrovem nad Ohří.